Instytut Tomistyczny prowadził ożywioną działalność wydawniczą praktycznie od początku swojego istnienia. Jednak przez wiele lat – ze względów organizacyjnych, finansowych oraz przez społeczno-polityczne uwarunkowania – nie mógł publikować książek pod własnym szyldem. Dlatego też pierwsza seria wydawnicza, „Studia Instituti Thomistici” oraz szereg innych przygotowywanych przez członków Instytutu książek ukazywały się w poznańskiej Księgarni św. Wojciecha; później efekty Instytutowych prac nad dziełami teologicznymi polskiego średniowiecza publikowane były w serii „Textus et Studia Historiam Theologiæ in Polonia Excultæ Spectantia”, wydawanej przez Akademię Teologii Katolickiej; Instytut Tomistyczny współpracował też wydawniczo choćby z Katolickim Uniwersytetem Lubelskim, Instytutem Wydawniczym PAX czy ośrodkami zagranicznymi, zaś w ostatnich kilkunastu latach – przede wszystkim z Wydawnictwem Marek Derewiecki oraz Wydawnictwem Polskiej Prowincji Dominikanów „W drodze”.
Obecnie Instytut prowadzi dwie własne serie wydawnicze, którymi są „Biblioteka Instytutu Tomistycznego. Teksty i Studia” (gdzie ukazują się teologiczne i filozoficzne prace polskich autorów) oraz „Dominikańska Biblioteka Teologii” (wydawana wspólnie z Wydawnictwem „W drodze” i poświęcona tłumaczeniom zachodnich dzieł teologicznych). Oprócz tego, od 1984 roku Instytut jest wydawcą „Przeglądu Tomistycznego” – rocznika naukowego poświęconego teologii (w tym zwłaszcza myśli św. Tomasza z Akwinu), filozofii i mediewistyce.