Lectura super Ioannem może być datowana z wystarczającą pewnością na drugi okres nauczania w Paryżu, prawdopodobnie na lata 1270–1272 (Gauthier [s. 493] sądzi, że można być bardziej precyzyjnym i woli mówić o roku 1270–1271). Reportatio z niej sporządził Reginald z Piperno na prośbę współbraci i rektora Saint-Omer, Adenulfa z Anagni; wydaje się mało prawdopodobne, by sam Tomasz przejrzał tekst. Teologiczna egzegeza Ewangelii wg św. Jana – wzoru człowieka kontemplacji, który na pierwszym planie w szczególny sposób stawia bóstwo Chrystusa, co Tomasz wyjaśnia w swoim prologu – niewątpliwie zalicza się do najlepiej dopracowanych i najgłębszych komentarzy, jakie pozostawił.
Wydania:
- Parma, t. 10, s. 279–645;
- Vives, t. 19, s. 669–842 i t. 20, s. 1–376;
- Marietti, wyd. R. Cai, 51952 i inne daty.
Przekłady polskie:
- Komentarz do Ewangelii Jana, tłum. T. Bartoś OP, Kęty 2002;
- Na początku było Słowo. Komentarz do Prologu Ewangelii wg św. Jana, tłum. M. Mróz, P. Roszak, S. Adamiak, Toruń 2001.
Przekład francuski:
- Commentaire sur l’Evangile de saint Jean, przedmowa M.-D. Philippe O.P., tłum. i przypisy pod jego kierunkiem, 2 t., Cerf, Paris 1998, 2006.
Przekład angielski:
- Commentary on the Gospel of St. John, 2 t., tłum. J.A. Weisheipl, F.R. Larcher, Albany 1980.
Przekłady niemieckie:
- Das Wort, Die ersten elf Lesungen des 1. Kapitels aus dem Johannes-Kommentar, tłum. J. Pieper, Munich 31955;
- Der Prolog des Johannes-Evangeliums, Super evangelium S. Joannis lectura (caput I, lectio I–XI), wyd. W.-U. Klünker, Stuttgart 1986.
Przekład włoski:
- Commento al Vangelo di S. Giovanni, 3 t., tłum. T.S. Centi, Roma, Citta Nuova 1990, 1992, 1993.